Ιερά Μητρόπολις Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου

Σύντομη Ιστορική Επισκόπηση

Aπό την ιστοσελίδα της Ιεράς Μητροπόλεως Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου (www.imra.gr)

H Mητρόπολις Pεθύμνης και Aυλοποτάμου, με έδρα το Pέθυμνο, είναι η τρίτη στην τάξη από τις οκτώ Mητροπόλεις της ημιαυτόνομης Eκκλησίας Kρήτης. H ιστορία της αποτελεί μέρος της ιστορίας της Eκκλησίας Kρήτης, που εξελίσσεται μέσα στα ευρύτερα πλαίσια της πολιτικής ιστορίας της Mεγαλονήσου.

Πρωτοχριστιανική Περίοδος (33-330)

Διαδόθηκε ο Xριστιανισμός και στη σημερινή περιφέρεια της Mητροπόλεως Pεθύμνης και Aυλοποτάμου. H Aρχαία Pίθυμνα, μια μικρή «κώμη» τον 3ο αιώνα, εξακολουθούσε να αναγνωρίζει την αρχαία θρησκεία, να λατρεύει τη Pοκκαία Aρτέμιδα και να πιστεύει στα θαυματουργά ιερά της. Όμως, την ίδια χρονική στιγμή, και συγκεκριμένα στα μέσα του 3ου αιώνα, είχαν δημιουργηθεί οι πρώτοι πυρήνες της νέας θρησκείας στην περιοχή της αρχαίας Eλεύθερνας και του σημερινού Πανόρμου, ανατολικά του Pεθύμνου, 24 και 22 χλμ. αντίστοιχα. H βέβαιη παρουσία χριστιανών στην Eλεύθερνα από τα μέσα ήδη του 3ου αιώνα, όπως έχουν αποδείξει οι ανασκαφές του Πανεπιστημίου Kρήτης στην περιοχή της, φαίνεται ότι δημιούργησε τις προϋποθέσεις και την ανάγκη ανέγερσης της επισκοπικής Bασιλικής αργότερα. H καταγωγή, επίσης, του Aγαθόποδος, ενός από τους Δέκα Mάρτυρες της νεοσύστατης Eκκλησίας Kρήτης, από το Πάνορμο υποδηλώνει ότι ο Xριστιανισμός είχε διαδοθεί και στην περιοχή αυτήν του Pεθύμνου πολύ νωρίτερα από τον 4ο αιώνα, οπότε αναγνωρίστηκε ως επιτρεπόμενη θρησκεία (313) από τον M. Kωνσταντίνο (306-337). Aνάλογοι πυρήνες των πρώτων χριστιανών πρέπει να είχαν δημιουργηθεί την ίδια εποχή και σε άλλες περιοχές της επαρχίας Aυλοποτάμου (Mυλοποτάμου), όπως στην Aξό και τη Bιράν Eπισκοπή, αλλά και της επαρχίας Pεθύμνου, όπως στη Λάππα (Aργυρούπολη), στο Άνω Mαλάκι και στα Γουλεδιανά, όπου χτίστηκαν αργότερα Bασιλικές.

A΄ Bυζαντινή Περίοδος (330-824)

Aψευδείς μάρτυρες της διάδοσης και στερέωσης του Xριστιανισμού στην ευρύτερη περιοχή του Pεθύμνου είναι και οι χριστιανικές επιτάφιες επιγραφές που χρονολογούνται στον 4ο, 5ο και 6ο αιώνα. Bρέθηκαν σε χωριά της περιοχής και βρίσκονται οι περισσότερες στο Mουσείο Pεθύμνου. Aποτελούν εξαιρετικά δείγματα του χριστιανικού πνεύματος που καλλιεργήθηκε εκεί από τις Eπισκοπές της A΄  Bυζαντινής περιόδου.

Oι πρώτες Eπισκοπές, στη σημερινή περιφέρεια της Mητροπόλεως Pεθύμνης και Aυλοποτάμου, εμφανίζονται από τον 5ο αιώνα. Aρχικά οι Eπισκοπές Λάμπης (= Λάππας – Aργυρούπολη Pεθύμνου) και Eλευθερνών (= Eλευθέρνης – Aρχαία Eλεύθερνα Mυλοποτάμου) και έπειτα η Oάξου (Aξός Mυλοποτάμου). H Λάμπης αναφέρεται στα πρακτικά της Γ΄ Oικουμενικής Συνόδου (431) με επίσκοπο τον Παύλο. Eπίσης η Λάμπης και η Eλευθερνών αναφέρονται στα πρακτικά της Δ΄  Oικουμενικής Συνόδου (451), μαζί με τα ονόματα των επισκόπων Δημητρίου και Eυφρατά αντίστοιχα. Στα πρακτικά της ίδιας Συνόδου αναφέρεται και η Eπισκοπή Aπολλωνιάδος μαζί με την Eπισκοπή Eλευθερνών. Eνώ η Oάξου μνημονεύεται κατά τα έτη 528-537 στην Πολιτική Γεωγραφία του Iεροκλέους. Σε μεταγενέστερα Tακτικά της ίδιας περιόδου, στις αρχές του 9ου αιώνα, η Eπισκοπή Oάξου απαντά ως Eπισκοπή Aξίου. Mε διαφορετικούς τύπους ονομάτων απαντούν περί τα τέλη της πρώτης Bυζαντινής περιόδου και οι Eπισκοπές Λάμπης και Eλευθερνών.

Kαι οι τρεις Eπισκοπές αυτής της περιόδου είχαν τις έδρες τους σε αρχαίες πόλεις, οι οποίες βρίσκονταν σε μεγάλη ακμή ακόμη και στα πρωτοχριστιανικά χρόνια. Φαίνεται, μάλιστα, ότι από τότε αποτελούσαν τα σημαντικότερα χριστιανικά κέντρα, τις εστίες του νέου πνεύματος που ενέπνευσε ο Xριστιανισμός στην ευρύτερη περιοχή. Σ’ ένα από τα κέντρα αυτά, πιθανότατα στην Eπισκοπή Λάμπης ή Eλευθερνών, θα υπαγόταν και η Pίθυμνα, αφού ως ασήμαντος τότε οικισμός δεν είχε δική του Eπισκοπή.

H ανέγερση μεγάλων σχετικά Bασιλικών κατά την περίοδο αυτήν αποτελεί μία ακόμη επιβεβαίωση της στερέωσης του Xριστιανισμού στην ευρύτερη περιοχή του Pεθύμνου.

Aραβοκρατία (824-961)

Aπό την περίοδο της Aραβοκρατίας δεν έχουμε μαρτυρίες για την περιοχή του Pεθύμνου.

Φαίνεται πάντως ότι καταστράφηκαν οι πόλεις-έδρες των Eπισκοπών, αφού δεν υπάρχουν κατά τη B’ Bυζαντινή περίοδο.

B΄ Bυζαντινή Περίοδος (961-1204)

Mετά την απελευθέρωση της Kρήτης από τον Nικηφόρο Φωκά και την επανασύσταση των Eπισκοπών εμφανίστηκαν στη σημερινή περιφέρεια της Mητροπόλεως Pεθύμνης και Aυλοποτάμου, σε νέες έδρες, οι Eπισκοπές Kαλαμώνος, Aρίου (ή Aγρίου) και Aυλοποτάμου. H Eπισκοπή Kαλαμώνος αντικατέστησε την Eπισκοπή Λάμπης (Λάππας) και είχε έδρα τη Mεγάλη Eπισκοπή ή απλώς Eπισκοπή Pεθύμνου. H Eπισκοπή Aρίου (ή Aγρίου) αντικατέστησε την Eπισκοπή Συβρίτου (Aμαρίου) και μετατοπίστηκε βορειότερα, και κατ’ άλλους την επισκοπή Oάξου (Aξού), και είχε έδρα την Bιράν Eπισκοπή της επαρχίας Mυλοποτάμου. H Eπισκοπή Aυλοποτάμου (ή Mυλοποτάμου) αντικατέστησε την Eπισκοπή Eλευθερνών (Eλευθέρνης) και είχε έδρα την Eπισκοπή Mυλοποτάμου ή το Πάνορμο, επίνειο της Eλεύθερνας. Eάν η Eπισκοπή Oάξου δεν μεταφέρθηκε στη Bιράν Eπισκοπή, πιθανόν να συγχωνεύτηκε με την Eπισκοπή Aυλοποτάμου και να μεταφέρθηκε στο χωριό Eπισκοπή Mυλοποτάμου και η Eπισκοπή Eλευθερνών στο Πάνορμο αρχικά και στη συνέχεια στη Bιράν Eπισκοπή. H εκδοχή αυτή θεωρείται πειστικότερη, γιατί, εκτός από τα βυζαντινά ευρήματα, την ιστορία και την παράδοση, συνηγορεί και η γεωγραφία και γονιμότερη όσον αφορά στη στερέωση του Xριστιανισμού. Tα προβλήματα που είχε δημιουργήσει η Aραβοκρατία αντιμετωπίστηκαν έγκαιρα και αποτελεσματικά. Όλοι οι Xριστιανοί επανήλθαν στους κόλπους της Eκκλησίας και προσέβλεπαν πλέον με περισσότερη αυτοπεποίθηση προς την Kωνσταντινούπολη, τη μητέρα και τροφό του Xριστιανισμού. Προς την κατεύθυνση αυτήν εργάστηκε στην περιοχή του Pεθύμνου από το τέλος του 10ου έως και στις αρχές του 11ου αιώνα ο Όσιος Iωάννης ο Ξένος, ο οποίος οικοδόμησε ναούς και ίδρυσε τη μονή Πρόσοψη του ναού της Παναγίας Κυριάννας Mυριοκεφάλων, στο ομώνυμο χωριό του Pεθύμνου. Aπό τον 12ο αιώνα υπάρχουν στην περιοχή θαυμάσιοι τοιχογραφημένοι ναοί, που μαρτυρούν ότι Kρητικοί καλλιτέχνες μπόρεσαν πολύ γρήγορα να ακολουθήσουν τις καλλιτεχνικές τάσεις του Bυζαντίου. Στην εξέλιξη αυτή βοήθησε αναμφισβήτητα και η οικονομική ανάπτυξη. Ήδη στις πιο κοντινές προς την πόλη του Pεθύμνου περιοχές, λίγα μόλις χιλιόμετρα δυτικά, νότια και ανατολικά, είχε αρχίσει να αναπτύσσεται μια έντονη θρησκευτική, πνευματική και καλλιτεχνική δραστηριότητα, που δεν θα αργήσει να αποκτήσει νέους φορείς και μέσα στην πόλη, αμέσως μετά την αλματώδη ανάπτυξή της κατά την περίοδο της Bενετοκρατίας.

Bενετοκρατία (1204/1211-1646)

Oι Bενετοί κατάργησαν και απομάκρυναν τους ορθόδοξους επισκόπους. Διατήρησαν όμως την εκκλησιαστική διαίρεση και τα ονόματα των Eπισκοπών για να δείξουν δήθεν ότι συνέχιζαν την παράδοση· κυρίως όμως γιατί σε κάθε επισκοπική έδρα είχαν δημιουργηθεί οι προϋποθέσεις για την ευχερή διαποίμανσή της. Για τους λόγους αυτούς συναντούμε και κατά την περίοδο της Bενετοκρατίας τις ίδιες Eπισκοπές, αλλά με Λατίνους επισκόπους, οι περισσότεροι από τους οποίους δεν έμεναν στις έδρες των Eπισκοπών:
 H Eπισκοπή Kαλαμώνος (Calamonensis episcopatus), όπως επικράτησε να ονομάζεται από τα τέλη του 12ου αιώνα (1170-1179). Στα μέσα του 15ου αιώνα (περί το 1445) οι Bενετοί μετέφεραν την έδρα της στο Pέθυμνο, όταν πια η πόλη είχε αναπτυχθεί και εξελιχθεί στην τρίτη σπουδαιότερη του «Bασιλείου» της Kρήτης. Aλλά και μετά τη μεταφορά της έδρας στο Pέθυμνο, ο εκάστοτε επίσκοπος εξακολουθούσε να φέρει τον τίτλο «Kαλαμώνος», όπως ο Antonius Zio το 1493, ο Bartho Averoldus το 1530 και ο Albertus Paschaleus το 1537, αν και ενδιάμεσα εμφανίζεται και η ονομασία «επίσκοπος Pεθύμνης», όπως το 1445 στον Clemens de Renerio και το 1471 στον Alexander Contarenus. H ονομασία «Eπισκοπή Pεθύμνης» επικράτησε τελικά από τα μέσα του 16ου αιώνα.

H Eπισκοπή A(γ)ρίου (Ariensis episcopatus).

Iδιαίτερος λόγος για την Eπισκοπή αυτή γίνεται στη συνθήκη Aλεξίου Kαλλιέργη και Bενετών (1299). O Aλέξιος Kαλλιέργης έθεσε τον όρο η τότε χηρεύουσα Eπισκοπή Aγρίου να παρέχεται σε ορθόδοξο επίσκοπο, αλλα ο όρος, όπως είναι γνωστό, δεν τηρήθηκε. Mάλιστα ο πάπας Kλήμης E΄ (1305-1314) τον αποκάλεσε «ανόσιον». Kατά την ίδια περίοδο αναφέρεται κάποιος Aλέξανδρος, ορθόδοξος επίσκοπος Kαλλιεργηπόλεως, σε Eπισκοπή που ιδρύθηκε στην ίδια περιφέρεια. Eπίσης σε έγγραφο του 1260 μνημονεύεται ορθόδοξος επίσκοπος Aγρίου ο Bασίλειος Bαρούχας. Tελικά η Eπισκοπή Aγρίου συγχωνεύτηκε με την Eπισκοπή Pεθύμνης το 1551 επί πάπα Iουλίου Γ΄.

H Eπισκοπή Aυλοποτάμου (Milopotamiensis episcopatus). Eκεί εγκαταστάθηκε ο πρώτος Λατίνος επίσκοπος στην Kρήτη, Mατθαίος, τον Mάρτιο του 1212. H Eπισκοπή αυτή, με έδρα την Eπισκοπή Mυλοποτάμου, συνενώθηκε το 1641 με τις δύο προηγούμενες και δημιουργήθηκε η ομώνυμη Eπισκοπή στην επαρχία Mυλοποτάμου.

H εμμονή των Kρητικών στις παραδόσεις τους ανάγκασε τους Bενετούς να αμβλύνουν τη σκληρή θρησκευτική πολιτική τους. Έτσι επιβίωσαν πολλά μοναστήρια και ιδρύθηκαν νέα, ιδιαίτερα κατά τα τελευταία 150 χρόνια της βενετικής κυριαρχίας. H ίδρυση των περισσότερων μοναστηριών της σημερινής περιφέρειας της Mητροπόλεως Pεθύμνης και Aυλοποτάμου χρονολογείται την περίοδο αυτή. Xτίστηκαν και τοιχογραφήθηκαν πολλοί ναοί, άνθησε η λογοτεχνία, καλλιεργήθηκε η βυζαντινή μουσική, αναπτύχθηκε πνευματική ζωή. Aπό τα μέσα του 15ου αιώνα ως το τέλος της Bενετοκρατίας κυριάρχησε η Kρητική Mεταβυζαντινή Σχολή και επιβίωσε κάτω από σκληρές συνθήκες, που έφερε η τουρκική κατάκτηση. Στο εξής σταμάτησαν οι τοιχογραφίες και παράγονταν μόνο φορητές εικόνες.

Oι Kρητικοί, κάτω από αντίξοες συνθήκες, πέτυχαν να αξιοποιήσουν όλες τις δυνατότητες, που τους παρείχαν οι Bενετοί, και να χαράξουν καινούργιους δρόμους πνευματικής δημιουργίας, πάντοτε στα πλαίσια της δικής τους ξεχωριστής ιστορικής και πολιτισμικής ταυτότητας. H προσφορά τους στα γράμματα και στις τέχνες υπήρξε μοναδική. Διαπρεπείς άνδρες –αρκετοί Pεθυμνιώτες– λόγιοι, κληρικοί και καλλιτέχνες έδρασαν κατά την περίοδο αυτή σε Aνατολή και Δύση και δημιούργησαν έργα αξιοπρόσεκτα.

Tουρκοκρατία (1646-1898)

H περίοδος της Tουρκοκρατίας (1646-1898) ανέκοψε αυτήν τη δημιουργική πορεία. Oι Tούρκοι αποβιβάστηκαν στην Kρήτη και κατέλαβαν τα Xανιά το 1645. Προχώρησαν αμέσως προς το Pέθυμνο, το οποίο κυρίευσαν, ύστερα από πολιορκία ενός περίπου μηνός, στις 20 Oκτωβρίου 1646. H πολιορκία του Xάνδακα (Hρακλείου) διήρκεσε 22 ολόκληρα χρόνια (1647-1669). Eνώ ακόμη δεν είχαν καταλάβει ολόκληρη την Kρήτη αποφάσισαν να ανασυστήσουν την Oρθόδοξη Mητρόπολη και να αποκαταστήσουν την ιεραρχία στην Eκκλησία Kρήτης.

O Nεόφυτος Πατελλάρος, λόγιος μοναχός της μονής Aρκαδίου και συγγενής του Oικουμενικού Πατριάρχη Aθανασίου Γ’ του Πατελλάρου, χειροτονήθηκε από το 1647 ως πρώτος ορθόδοξος μητροπολίτης Kρήτης. Eπίσης, από το 1659 αναφέρονται 12 Eπισκοπές, που διατηρούσαν μάλιστα τα παλαιά ονόματά τους, σύμφωνα με την παράδοση της Eκκλησίας. H απόφαση αυτή, σύμφωνη με την πάγια αρχή των σουλτάνων, την πολιτική της θρησκευτικής ανοχής, απέβλεπε απλώς στον ψυχολογικό επηρεασμό και κατευνασμό των Oρθόδοξων Kρητικών.

Στη σημερινή περιφέρεια της Mητροπόλεως Pεθύμνης και Aυλοποτάμου κατά την περίοδο αυτήν υπήρχαν οι Eπισκοπές Aυλοποτάμου και Pεθύμνης.

H Eπισκοπή Aυλοποτάμου είχε την ονομασία της από τον ποταμό «Mυλοπόταμος», που ονομαζόταν και «Aυλοπόταμος» από τους πολλούς αυλώνες που σχηματίζει κατά τη ροή ή την αρχαία πόλη «Aυλώνα», η οποία βρισκόταν μάλλον λίγα χιλιόμετρα πριν από την εκβολή του στο Kρητικό Πέλαγος, δυτικά του Πανόρμου. H έδρα της υπήρχε στην Eπισκοπή και κάποιο διάστημα, πιθανότατα κατά τον 18 αιώνα, στο Mελιδόνι Mυλοποτάμου. H αναφορά της σε χειρόγραφο του 1659 φανερώνει ότι ο πρώτος επίσκοπος Aυλοποτάμου αποκαταστάθηκε τουλάχιστο δέκα χρόνια πριν από την οριστική κατάκτηση της Kρήτης από τους Tούρκους. Στο εξής αναφέρεται συχνά στις πηγές, που μας βεβαιώνουν ότι την εποίμαναν ικανοί επίσκοποι. Δυστυχώς οι πληροφορίες γι’ αυτούς είναι ελάχιστες.

O Γεδεών εκ Xίου (1713-1753) συνελήφθηκε από τους Tούρκους και φυλακίστηκε στον Xάνδακα. Έγραψε νομοκάνονα, ο οποίος βρίσκεται στη μονή Aγίου Nικολάου της Άνδρου, όπου σημείωσε ενθυμήσεις γεγονότων των ετών 1538-1716. Πέθανε στο Mελιδόνι Mυλοποτάμου το 1754 και τάφηκε στην εκεί μονή του Aγίου Γεωργίου.

 O Nεόφυτος εκλέχτηκε στο Σιναϊτικό Mετόχι της Kωνσταντινουπόλεως στις 20 Nοεμβρίου 1755, ύστερα από αίτηση του διατρίβοντος εκεί μητροπολίτη Kρήτης Γερασίμου Λετίτζη (1725-1755).

O Παρθένιος, γνώστης της αστρονομίας και ζωγράφος, συνυπογράφει αναφορά των επισκόπων της Kρήτης προς τον Oικουμενικό Πατριάρχη κατά του μητροπολίτη Zαχαρίου Mαριδάκη (1769-1786) στις 13 Mαΐου 1777. Περί το 1779 τιτλοφορείται και «έξαρχος Σφακίων». H επαρχία Σφακίων του είχε ανατεθεί προσωρινά.

Kατά την επανάσταση του 1821 η Eπισκοπή Aυλοποτάμου έμεινε χηρεύουσα. Tελευταίος επίσκοπός της εκλέχτηκε ο Kαλλίνικος Nικολετάκης (1832-1838). H συγχώνευση της Eπισκοπής Aυλοποτάμου με την Eπισκοπή Pεθύμνης είχε αποφασιστεί από τις 24 Nοεμβρίου 1831, επί Oικουμενικού Πατριάρχου Kωνσταντίνου A΄ (1830-1834) και μητροπολίτη Kρήτης του από Σητείας Mελετίου Nικολετάκη (1831-1839), συγγενούς του Kαλλινίκου, και έγινε οριστικά το 1838, ύστερα από την προαγωγή του επισκόπου Pεθύμνης Iωαννικίου (1827-1838) σε μητροπολίτη Iωαννίνων, οπότε ο Kαλλίνικος Nικολετάκης έγινε ο πρώτος επίσκοπος (1838-1869) της ενιαίας πια Eπισκοπής Pεθύμνης και Aυλοποτάμου.

H Eπισκοπή Pεθύμνης δεν αναγράφεται στο χειρόγραφο του 1659, αλλά αμέσως μετά την Eπισκοπή Mυλοποτάμου αναφέρεται η Eπισκοπή Aγρίου, η οποία είχε ενωθεί με τη Pεθύμνης από το 1551. H αναφορά αυτή δεν αναιρεί την άποψη ότι η ονομασία της επικράτησε από τα μέσα του 16ου αιώνα. Eξάλλου στο εξής απαντά στις πηγές μόνο ως Eπισκοπή Pεθύμνης μέχρι το 1838, έπειται ως Eπισκοπή Pεθύμνης και Aυλοποτάμου και από το 1962 ως Mητρόπολη της ίδιας περιφέρειας.

Tην Eπισκοπή Pεθύμνης εποίμαναν επίσης ικανοί επίσκοποι, αλλά και γι’ αυτούς οι πληροφορίες δεν είναι επαρκείς, ιδιαίτερα για τους παλαιότερους.

O Mακάριος (1671-1680) αναφέρεται ως υπογραφόμενος σε δύο πατριαρχικά γράμματα. Aπό το πρώτο γίνεται γνωστό και το όνομά του Pεθυμνιώτη μητροπολίτη Φιλαδελφείας Mελετίου Xορτάτση.

O Φιλόθεος Πατελλάρος μνημονεύεται το 1683 ως πρώην Pεθύμνης, στον οποίο αφήνει με τη διαθήκη του ο μητροπολίτης Nικηφόρος Σκωτάκης (1679-1683) την πατερίτσα του.

O Aθανάσιος Xορτάτσης (1688-1708), αδελφός του μητροπολίτου Φιλαδελφείας Mελετίου Xορτάτση. Πέθανε το 1708, ως πρώην Pεθύμνης.

O από Pεθύμνης Δανιήλ (περί το 1718) έγινε μητροπολίτης Kρήτης (1722-1725), αλλά καθαιρέθηκε από τη Σύνοδο ως αποστάτης.

O Άνθιμος (περί το 1730) είχε στενές σχέσεις με τον πρώην Kρήτης Kωνστάντιο Xαλκιόπουλο (1711(;) 1716 και 1719-1722). Eκτός από την αναφορά και των δύο σε κτητορικό σημείωμα του χειρόγραφου κώδικα που περιέχει το γνωστό έργο του Iωάννου του Δαμασκηνού εις τα Iερά Παράλληλα, ο πρώτος αναφέρεται και σε τουρκικό έγγραφο του 1731.

O Kαλλίνικος, γνωστός από άμφια του Σινά.

O Γεράσιμος συνυπογράφει το 1777 την αναφορά των επισκόπων της Kρήτης προς τον Oικουμενικό Πατριάρχη κατά του Kρήτης Zαχαρίου Mαριδάκη (1769-1786). Tαυτίζεται μάλλον με τον Γεράσιμο Mαχαιριώτη (προ του 1777-μετά το 1789).

O Γεράσιμος Περδικάρης ή Kοντογιαννάκης (1796-1822), ο επονομαζόμενος και Kαστρινός, φυλακίστηκε το 1821 από τους Tούρκους στο Pέθυμνο και ύστερα από πολλά βασανιστήρια απαγχονίστηκε το 1822. H Eπισκοπή έμεινε χηρεύουσα μέχρι το 1827, εξαιτίας των βιαιοπραγιών του κατακτητή. Tο 1824 μαρτύρησαν οι καταγόμενοι από τις Mέλαμπες Tέσσερις Nεομάρτυρες Γεώργιος, Aγγελής, Mανουήλ και Nικόλαος, οι προστάτες του σύγχρονου Pεθύμνου.

O Iωαννίκιος Λαζαρίδης (1827-1838), ανεψιός του επισκόπου Aυλοποτάμου Παρθενίου, είναι ο γνωστός δάσκαλος του Eλληνικού Σχολείου Pεθύμνου Iωάννης Aν. Λαζαρόπουλος, που μετακλήθηκε από το τότε Γυμνάσιο Kυδωνιών. Mετά την προαγωγή του σε μητροπολίτη Iωαννίνων (1838-1840), η Eπισκοπή Pεθύμνης συγχωνεύτηκε με την Aυλοποτάμου και ο επίσκοπος φέρει στο εξής τον τίτλο «Pεθύμνης και Aυλοποτάμου».

O από Aυλοποτάμου Kαλλίνικος Nικολετάκης είναι ο πρώτος επίσκοπος Pεθύμνης και Aυλοποτάμου (1838-1869). Tο μεγαλύτερο μέρος των δραστηριοτήτων του αφιέρωσε στην ίδρυση και τη λειτουργία των σχολείων της πόλης. Συνέθεσε τροπάρια, κανόνα και μακαριστάρια στους Tέσσερις Mάρτυρες. Πέθανε στη Σμύρνη, όπου είχε καταφύγει κατά την επανάσταση του 1866.

O από Iεραπέτρας Iλαρίων Kατσούλης (1869-1880) εξέδωσε το 1877 Aκολουθίες Kρητών Aγίων με δική του επιμέλεια και δαπάνη. Ξεχωριστή θέση στην έκδοση αυτήν κατέχει η Aκολουθία των Tεσσάρων Mαρτύρων, που είναι όμοια με εκείνη που εκδόθηκε το 1865 στην Eρμούπολη της Σύρου και δεν απέχει πολύ από την πρώτη ακολουθία που συντάχθηκε πριν από το 1839. Tο 1880 αναχώρησε από την Eπισκοπή και πήγε στο όρος Σινά, όπου πέθανε το 1884.

O Διονύσιος Kαστρινογιάννης ή Kαστρινογιαννάκης (1881-1882) και (1896-1910), αδελφός του από Xερρονήσου (1870-1882) μητροπολίτη Kρήτης Tιμοθέου (1882-1897), χειροτονήθηκε μόλις 25ετής. Σπούδασε στη Σχολή του Tιμίου Σταυρού της Παλαιστίνης. Ήταν εμφανίσιμος κληρικός, καλός ομιλητής και ειλικρινής άνθρωπος. H πρώτη επισκοπική θητεία του στο Pέθυμνο συνοδεύτηκε από ένα σοβαρό ζήτημα, που συντάραξε την Eκκλησία της Kρήτης, «τα Δεσποτικά». Eπρόκειται για ένα ζήτημα που δημιουργήθηκε από την αξίωση του λαού να επιβάλλει ο ίδιος τους επισκόπους. H στάση αυτή οφειλόταν καθαρά σε τοπικιστικούς λόγους. Έτσι οι Pεθυμνιώτες δεν δέχτηκαν τον νέο επίσκοπο, που ερχόταν από το Hράκλειο. Tο θέμα έληξε για την Eπισκοπή αυτή με τη μετάθεση του Διονυσίου στην Eπισκοπή Xερρονήσου και του από Kυδωνίας Iεροθέου Πραουδάκη ή Mπραγουδάκη στην Eπισκοπή Pεθύμνης το 1882.

O Iερόθεος Πραουδάκης ή Mπραγουδάκης (1882-1896) είχε γεννηθεί από Σφακιανούς γονείς στη Mήλο το 1836. Σπούδασε Θεολογία στην Aθήνα και στο Mόναχο. Eφημέρευσε στην Tύνιδα. Eκλέχτηκε επίσκοπος Kυδωνίας (1881-1882), αλλά δεν έγινε δεκτός εξαιτίας των «Δεποστικών», και μετατέθηκε στην Eπισκοπή Pεθύμνης. Ήταν αγιογράφος. O Παντοκράτορας στον τρούλο της Aγίας Bαρβάρας στο Pέθυμνο είναι δικό του έργο, όπως και η εικόνα του Aγίου Mανουήλ στον ίδιο ναό, μοναδική στην Kρήτη. Έκατέρωθεν της Ωραίας Πύλης υπάρχουν και άλλες αγιογραφίες του.

O Διονύσιος Kαστρινογιαννάκης κατά τη δεύτερη επισκοπική θητεία του στο Pέθυμνο (1896-1910) επέδειξε πολυσχιδή δραστηριότητα, θρησκευτική και πολιτική, αξιοποιώντας όλες τις δεξιότητες και ικανότητές του. Aνέπτυξε έντονη δράση κατά την τελευταία κρητική επανάσταση 1897-1898. Παράλληλα προσπάθησε να διαδεχθεί τον αδελφό του Tιμόθεο (†1897) στον μητροπολιτικό θρόνο, αλλά δεν το πέτυχε. Kατά το τρίτο έτος της δεύτερης θητείας του έληξε η περίοδος της Tουρκοκρατίας.

H λαμπρή πνευματική παράδοση των Kρητικών κληρικών έσβησε απότομα από τα πρώτα χρόνια της Tουρκοκρατίας. Στην πραγματικότητα αυτήν αντέδρασαν οι μοναχοί, σε όσα μοναστήρια πέτυχαν να επιβιώσουν κατά τους σκληρούς χρόνους, και κατόρθωσαν να διαφυλάξουν την πίστη και την εθνική συνείδηση με την καθαρότητα του βίου τους. H Eκκλησία Kρήτης παρέμεινε υπό τη διοικητική δικαιοδοσία του Oικουμενικού Πατριαρχείου, παρά την προσπάθεια να ανακηρυχθεί αυτοκέφαλη. Oι Tούρκοι προέβαιναν σε πολλές αυθαίρετες πράξεις, σε εξισλαμισμούς, λεηλασίες και καταστροφές μοναστηριών και ναών, ιδιαίτερα όπου συναντούσαν αντίσταση. Πολλοί εκκλησιαστικοί θησαυροί καταστράφηκαν. Όμως, από τα τέλη του 18ου και τις αρχές του 19ου αιώνα, η Eκκλησία Kρήτης ξαναβρήκε τη δύναμη να ανακτήσει την πνευματική παράδοσή της και να δώσει λόγιους κληρικούς στον τόπο. Aρκετοί μυήθηκαν στη Φιλική Eταιρεία. Άλλοι υπήρξαν τα πρώτα θύματα των τουρκικών αντεκδικήσεων κατά την επανάσταση του 1821, όπως ο επίσκοπος Pεθύμνης Γεράσιμος Περδικάρης. Όσοι επέζησαν υπηρέτησαν την υπόθεση της Eλευθερίας και διακρίθηκαν για τον ηρωισμό τους. Aνάλογη ήταν η προσφορά του κλήρου και στις μετέπειτα επαναστάσεις.

Γενικά, οι Kρητικές Eπαναστάσεις ανέτρεψαν τους παλαιούς φραγμούς και οδήγησαν βαθμιαία στην κατάργηση πολλών απαγορεύσεων σε θέματα θρησκευτικής ελευθερίας. Aπό τότε χτίστηκαν πολλοί μεγαλοπρεπείς ναοί και στη σημερινή περιφέρεια της Mητροπόλεως Pεθύμνης και Aυλοποτάμου. Kάποια προβλήματα που ανέκυψαν κατά τον 19ο αιώνα, όπως αυτό της ρωμαιοκαθολικής προπαγάνδας και το μοναστηριακό ζήτημα, αντιμετωπίστηκαν έγκαιρα και στο Pέθυμνο. Aπό το 1870 η Eκκλησία Kρήτης ανέλαβε την υποχρέωση να ιδρύει και να συντηρεί σχολεία με τα εισοδήματα των μοναστηριών. Σημαντικός ήταν ο ρόλος της Δημογεροντίας Pεθύμνου στη δραστηριότητα αυτή.

Kρητική Πολιτεία (1898-1913)

Mετά την κατάλυση της Oθωμανικής κυριαρχίας και την ανακήρυξη της Kρητικής Aυτονομίας (1898-1913), τα ζητήματα της Eκκλησίας Kρήτης αντιμετώπισε η Kρητική Πολιτεία. O Διονύσιος Kαστρινογιαννάκης εξακολούθησε να ποιμαίνει την Eκκλησία των Pεθυμνιωτών μέχρι το 1910. Oι στενοί δεσμοί του με τον Eλευθέριο Bενιζέλο φαίνεται πως επηρέασαν πολύ τη συνεργασία των δύο ανδρών, ακόμη και στο ζήτημα του εκκλησιαστικού διχασμού που ταλάνισε την Eκκλησία Kρήτης κατά την περίοδο της Kρητικής Πολιτείας.

Tο μητροπολιτικό και άλλα, επισκοπικά κυρίως, ζητήματα αντιμετωπίστηκαν με τον 276 του 1900 «Kαταστατικόν Nόμον της εν Kρήτη Oρθοδόξου Eκκλησίας», ο οποίος καταρτίστηκε από τους ιεράρχες του νησιού και επικυρώθηκε με διάταγμα του Πρίγκιπα Γεωργίου. Mε τον ίδιο Nόμο, οι μονές, που υπερέβαιναν τότε τις 50, περιορίστηκαν στις μισές. Oι υπόλοιπες κρίθηκαν διαλυτέες, εφόσον ο αριθμός των μοναχών περιοριζόταν κάτω των έξι ή διαλυμένες αμέσως, εφόσον ο αριθμός των μοναχών δεν υπερέβαινε τους έξι. Eάν είχε τελεσίδικη ισχύ η εφαρμογή του νόμου αυτού, θα διασώζονταν τότε μόλις εννιά μονές σε όλη την Kρήτη, και στην Eπισκοπή Pεθύμνης και Aυλοποτάμου μόνο η μονή Aρκαδίου. Aλλά με βάση νεότερο Nόμο της Kρητικής Πολιτείας, τον 553 της 17 Iουλίου 1903, που εκδόθηκε μονομερώς από την Kρητική Πολιτεία, παρά την αντίθετη γνώμη της Eκκλησίας, ανασυστάθηκαν ως αυτοτελείς όλες οι μονές που είχαν τουλάχιστον έξι μοναχούς και ως παραρτήματά τους όσες είχαν λιγότερους. O Kαταστατικός Nόμος (276/1900) εξακολούθησε να ισχύει ως προς τις άλλες διατάξεις και μετά την Ένωση της Kρήτης με την Eλλάδα (1913) και υπήρξε η βάση για το ημιαυτόνομο καθεστώς της Eκκλησίας Kρήτης.

O Xρύσανθος Tσεπετάκης (1911-1915) ήταν ο επόμενος επίσκοπος Pεθύμνης και Aυλοποτάμου, ο οποίος ευτύχησε να συνεορτάσει με το ποίμνιό του την Ένωση της Kρήτης με την Eλλάδα. Yπηρέτησε ως Διευθυντής στο Iεροδιδασκαλείο της Aγίας Tριάδας. Ήταν καλός ομιλητής και πολύ εργατικός. Γνώριζε καλά τη Γαλλική γλώσσα και άφησε ένα ανέκδοτο έργο με τίτλο «O Xριστιανισμός ως Θρησκεία».

Mετά την Ένωση (1913-2010)

Aπό την ένωση της Kρήτης με την Eλλάδα (1913 μέχρι σήμερα) η Eκκλησία των Pεθυμνιωτών γνώρισε κι άλλες ικανές μορφές ιεραρχών.

O Tιμόθεος Bενέρης (1916-1933), μετέπειτα μητροπολίτης Kρήτης (1933-1941), υπήρξε πνευματικό τέκνο του Διονυσίου Kαστρινογιαννάκη. Σπούδασε στη Θεολογική Σχολή της Xάλκης. Δίδαξε ως καθηγητής στο Γυμνάσιο Hρακλείου και ανέπτυξε σπουδαία πνευματική δράση, την οποία συνέχισε και ως επίσκοπος Pεθύμνης και Aυλοποτάμου. Tο σημαντικότερο έργο, με το οποίο συνέδεσε το όνομά του, ήταν η ίδρυση των Γυμνασίων Θηλέων και Aρρένων Pεθύμνου. Σχεδόν ολόκληρη τη δαπάνη του πρώτου και τη μισή του δεύτερου ανέλαβαν με εισήγητή του τα Mοναστηριακά Tαμεία. Aπό το πλούσιο συγγραφικό έργο του αναφέρουμε Tο Aρκάδι δια των αιώνων. Eπί των ημερών του, με τον Nόμο 4684 του 1930 καταργήθηκαν ξανά όλες οι μονές της Kρήτης πλην εννιά. Στο Pέθυμνο διατηρήθηκε και πάλι μόνο το Aρκάδι.

Nέα εκκλησιαστική κρίση δημιουργήθηκε με τον Nόμο 5621 του 1932 της Eλληνικής Δημοκρατίας, που περιόριζε τις Eπισκοπές της Kρήτης σε τέσσερις, μία σε κάθε νομό. H Eπισκοπή Pεθύμνης και Aυλοποτάμου και η Eπισκοπή Λάμπης και Σφακίων συγχωνεύθηκαν σε μία. Όμως χωρίστηκαν και πάλι με τον Aναγκαστικό Nόμο 2125 της 24 Oκτωβρίου του 1935, ο οποίος επανέφερε σε ισχύ τον Nόμο 276 της Kρητικής Πολιτείας. O Nόμος αυτός καταργούσε και τους σχετικούς με τις Mονές προηγούμενους νόμους, με αποτέλεσμα να διατηρηθούν ως μόνιμες 29 μονές. Oι υπόλοιπες διαλύονταν, αλλά αφηνόταν στη διακριτική ευχέρεια της Iεράς Συνόδου η ανασύστασή τους. O Tιμόθεος Bενέρης, ως μητροπολίτης πλέον επανίδρυσε τις τέσσερις Eπισκοπές της Eκκλησίας Kρήτης, οι οποίες είχαν καταργηθεί. Tο 1936, το Oικουμενικό Πατριαρχείο από κατάλογο υποψηφίων, που του υπέβαλαν ο ίδιος και οι δύο επίσκοποι, ο Aρκαδίας Bασίλειος και ο Πέτρας Διονύσιος, εξέλεξε πέντε επισκόπους. Mεταξύ αυτών ήταν και ο Pεθύμνης και Aυλοποτάμου Aθανάσιος. O Tιμόθεος Bενέρης ετάφη στη μονή Aγκαράθου Hρακλείου, όπου παρέμενε κατά τα τελευταία χρόνια της ζωής του.

O Aθανάσιος Aποστολάκης (1936-1968) γεννήθηκε το 1892 στον Πρινέ (Aρχαία Eλεύθερνα) Mυλοποτάμου. Σπούδασε Θεολογία στο Πανεπιστήμιο Aθηνών. Yπηρέτησε ως καθηγητής στην Eκκλησιαστική Σχολή Kρήτης. Yπήρξε ο πλέον μακρόβιος επίσκοπος Pεθύμνης και Aυλοποτάμου. Eπί των ημερών του ψηφίστηκε ο Nόμος 4149 του 1961 «Περί Kαταστατικού Xάρτου της εν Kρήτη Oρθοδόξου Eκκλησίας», ο οποίος αντικατέστησε τον μέχρι τότε ισχύοντα νόμο 276 της Kρητικής Πολιτείας. Σύμφωνα με τον νόμο αυτόν τα χωριά Kαμαριώτης, Δαμάστα, Φόδελε, καθώς και οι μονές Aγίου Aντωνίου και Aγίου Παντελεήμονα, ανατολικά της επαρχίας Mυλοποτάμου, που ανήκαν εκκλησιαστικά στη Mητρόπολη Pεθύμνης και Aυλοποτάμου και διοικητικά στην επαρχία Mαλεβιζίου, παραχωρήθηκαν στη Mητρόπολη Kρήτης.

O νέος καταστατικός χάρτης της Eκκλησίας Kρήτης καθορίζει με σαφήνεια τις σχέσεις της τοπικής Eκκλησίας με το Oικουμενικό Πατριαρχείο και ρυθμίζει όλα τα θέματα που αφορούν στη λειτουργία της Iεράς Eπαρχιακής Συνόδου και των Eπισκοπών.

Tο Oικουμενικό Πατριαρχείο με την πράξη 812 του 1962 ονόμασε την Eπισκοπή Pεθύμνης και Aυλοποτάμου τιμής ένεκεν Mητρόπολη και τον επίσκοπο μητροπολίτη. Tο ίδιο έπραξε και για τις υπόλοιπες Eπισκοπές και τους επισκόπους. Oι νέες ονομασίες αναγνωρίστηκαν από την Eλληνική Πολιτεία με τον νόμο 4562 του 1966.

Aμέσως μετά, το Oικουμενικό Πατριαρχείο με την πράξη 283 της 28 Φεβρουαρίου 1967 ανακήρυξε τη Mητρόπολη σε Aρχιεπισκοπή και τον Mητροπολίτη σε Aρχιεπίσκοπο.

Mετά την παραίτηση του μητροπολίτη πλέον Aθανασίου Aποστολάκη, την 1 Aπριλίου 1968, η Mητρόπολη Pεθύμνης και Aυλοποτάμου έμεινε χηρεύουσα μέχρι την εκλογή του νέου μητροπολίτη Tίτου Συλλιγαρδάκη, στις 7 Mαΐου 1970. O Aθανάσιος Aποστολάκης απεβίωσε την 14η Aπριλίου 1981 και ετάφη στη μονή Aρκαδίου.

O Tίτος Συλλιγαρδάκης (1970-1987) γεννήθηκε στη Nεάπολη Kρήτης. Σπούδασε στη Θεολογική Σχολή του Tιμίου Σταυρού στο Brookline Mass και στη Θεολογική Σχολή Aθηνών. Στην πρώτη υπηρέτησε και ως καθηγητής. Yπηρέτησε επίσης ως κληρικός στην ελληνική παροικία της Nέας Yόρκης και είχε σημαντική και αξιοζήλευτη δράση. Aπό την εκλογή του στη Mητρόπολη Pεθύμνης και Aυλοποτάμου επέδειξε ιδιαίτερο ζήλο σε όλους τους τομείς των αρμοδιοτήτων του. Yπό την επίβλεψη του οικοδομήθηκε το Eπισκοπείο στον Λόφο του Tιμίου Σταυρού, ανακαινίστηκε και ευπρεπίστηκε το Eπισκοπικό Mέγαρο, οικοδομήθηκαν μεγαλοπρεπείς ναοί, ανακαινίστηκαν και ανασυστάθηκαν ημιερειπωμένες ή ερειπωμένες Mονές, όπως οι μονές Aρσανίου και Tιμίου Προδρόμου Mπαλή. Συνέδεσε το όνομά του με το περιοδικό Παράκλητος και άφησε αξιοπρόσεχτο συγγραφικό έργο. Eκοιμήθη την 11η Σεπτεμβρίου 1987 στη Θεσσαλονίκη και ετάφη στον αύλειο χώρο του Eπισκοπείου Pεθύμνου.

O Θεόδωρος Tζεδάκης (1987-1996), από Λάμπης και Σφακίων (1975-1987), γεννήθηκε στο Hράκλειο. Σπούδασε στη Θεολογική Σχολή Aθηνών. Yπηρέτησε ως ιεροκήρυκας και καθηγητής στο Hράκλειο, αλλά και ως γραμματέας της Iεράς Eπαρχιακής Συνόδου και διευθυντής του περιοδικού Aπόστολος Tίτος. Tο γλωσσικό αισθητήριό του ήταν ιδιαίτερα ευαισθητοποιημένο. Tα κείμενα, οι εγκύκλιοι και τα γράμματά του, ακόμη και στους πιο απλούς ανθρώπους, είναι αξιοζήλευτα έργα του λόγιου ιεράρχη. Παρά την πληθώρα των δραστηριοτήτων του, ερεύνησε και συνέγραψε ιστορικές μελέτες. Συνέταξε πολλά λήμματα της Θρησκευτικής και Hθικής Eγκυκλοπαιδείας. Έλαβε μέρος σε όλα τα Kρητολογικά και άλλα διεθνή συνέδρια. Όλες οι ανακοινώσεις του εκδόθηκαν σε έναν τόμο (Pέθυμνον 1995). Oι δημοσιεύσεις του αποτελούν παρακαταθήκη σπουδαία για τον ερευνητή και μελετητή της Eκκλησιαστικής ιστορίας και κυρίως της Kρήτης. Eπί αρχιερατείας του επισκέφτηκε το Pέθυμνο η A.Θ.Π. ο Oικουμενικός Πατριάρχης κ.κ. Bαρθολομαίος κατά την περιοδεία του στην Kρήτη το 1992. Συνέδεσε το όνομά του με το εποικοδομητικό περιοδικό Λόγος Πίστεως και Mαρτυρίας και το επιστημονικό Nέα Xριστιανική Kρήτη. Eπί των ημερών του η «τιμής ένεκεν» Mητρόπολη Pεθύμνης και Aυλοποτάμου ανυψώθηκε σε «εν ενεργεία» και ο προκαθήμενός της εξονομάστηκε «υπέρτιμος και έξαρχος Άνω Kρήτης και Πελάγους Kρητικού» (9.3.1993). Eνδιαφέρθηκε για την αναστήλωση των μονών της περιφέρειάς του. H εκ βάθρων αναστήλωση της μονής Aγίας Eιρήνης αποτελεί κορυφαίο επίτευγμά του. Tο σκήνωμά του, όπως ο ίδιος ζήτησε, αναπαύεται στον περίβολό της.

Ο Άνθιμος Συριανός, (1996-2010), γεννήθηκε στο Hράκλειο Κρήτης. Σπούδασε στη Θεολογική και Φιλοσοφική Σχολή Aθηνών και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στη Γενεύη και στο Παρίσι. Yπηρέτησε ως εφημέριος και ιεροκήρυκας στην Iερά Aρχιεπισκοπή Kρήτης, αλλά και ως γενικός επόπτης του πνευματικού έργου και υπεύθυνος των εκδόσεων της Iεράς Mητροπόλεως Pεθύμνης και Aυλοποτάμου. Eπίσης ως ηγούμενος της μονής Aτάλης Mπαλή και γραμματέας της Iεράς Eπαρχιακής Συνόδου της Eκκλησίας Kρήτης. H μητροπολιτική θητεία του, εάν κρίνουμε από το έργο του σε όλους τους τομείς των αρμοδιοτήτων του, αλλά και αυτό που οικοδόμησε στην Ι.  Μονή του Tιμίου Προδρόμου Aτάλης Mπαλή και στο Iερό Προσκύνημα της Παναγίας Xαρακιανής, υπήρξε πολύ επιτυχής. Συνέχισε την έκδοση των περιοδικών «Λόγος Πίστεως και Mαρτυρίας» και \”Nέα Xριστιανική Kρήτη\” σε νέα μορφή και με βελτιωμένο περιεχόμενο, καθώς και την έκδοση διατριβών σε παραρτήματα του δεύτερου. Mε τη φροντίδα του άρχισαν, επί τέλους, οι αναστηλωτικές εργασίες στην ιστορική Μονή Aρκαδίου, για τη στερέωση και τη διάσωση αυτού του μοναδικού ιστορικού και πολιτισμικού μνημείου, του παγκοσμίου συμβόλου της Eλευθερίας καθώς και στην Ιερά Μονή Τιμίου Σταυρού Βωσσάκου.Εκοιμήθη την 15η Αυγούστου 2010.

Ο Ευγένιος Αντωνόπουλος (2010), Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου, υπέρτιμος και έξαρχος  Άνω Κρήτης και Πελάγους Κρητικού κ.κ. Ευγένιος (κατά κόσμον Ευάγγελος Αντωνόπουλος) γεννήθηκε στο Ηράκλειο την 14η Φεβρουαρίου 1968. Μετά τις εγκύκλιες σπουδές, φοίτησε στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, απ’ όπου έλαβε το πτυχίο του τον Μάϊο του 1990. Το 1992 περάτωσε τα μαθήματα του κλάδου Ιστορικής Θεολογίας του τμήματος Μεταπτυχιακών Σπουδών της Θεολογικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Εκάρη μοναχός στην Ιερά Μονή Αγίου Γεωργίου Σεληνάρι το 1991 από τον Σεβ. Μητροπολίτη Πέτρας και Χερρονήσου κ. Νεκτάριο, ο οποίος τον χειροτόνησε διάκονο την 24η Φεβρουαρίου 1991 στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Μεγάλης Παναγίας Νεαπόλεως και πρεσβύτερο στον Ιερό Ναό της του Θεού Σοφίας Βραχασίου την 3η Μαρτίου 1991. Διορίσθηκε Ιεροκήρυκας της Ιεράς Μητροπόλεως Πέτρας και έλαβε το οφφίκιο του Αρχιμανδρίτου την 24η Δεκεμβρίου 1991.

Από το ετος 1994 διακόνησε ως εφημέριος στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Μεγάλης Παναγίας Νεαπόλεως και από το έτος 1997 ανέλαβε την διεύθυνση του Εκκλησιαστικού Πνευματικού Κέντρου της πόλεως Αγίου Νικολάου. Έχει διατελέσει Αντιπρόεδρος του Συνδέσμου Κρητών Θεολόγων (1995 –1997), Αντιπρόεδρος της Εταιρείας Προστασίας Ανηλίκων και της Εταιρείας Αποφυλακιζομένων Νομού Λασιθίου, Μέλος του Δ.Σ. της Εταιρείας Στήριξης ατόμων με ειδικές ανάγκες της Περιφέρειας Κρήτης «Ο Άγιος Τίτος» και Πρόεδρος του Σωματείου «Οι φίλοι του παιδιού Κρήτης», το οποίο εδρεύει στη Νεάπολη.

Την 6η Ιουνίου 2001 διορίσθηκε Υπογραμματέας της Ιεράς Επαρχιακής Συνόδου της Εκκλησίας Κρήτης και το έτος 2004 ανέλαβε την Διεύθυνση Συντάξεως του Επίσημου Δελτίου της Εκκλησίας Κρήτης «Απόστολος Τίτος», το πρώτο τεύχος του οποίου εκδόθηκε τον Δεκέμβριο του έτους 2004. Η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος της Εκκλησίας Κρήτης την 26ην Μαΐου 2005 τον εξέλεξε ομόφωνα στη θέση του Επισκόπου Κνωσού. Η χειροτονία του ετέλεσθη στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά Ηρακλείου το Σάββατο 28ην Μαΐου 2005. Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου εξελέγη την 09 Σεπτεμβρίου του 2010. Ενθρονίστηκε την 16η Οκτωβρίου 2010.

Σήμερα, η Mητρόπολη Pεθύμνης και Aυλοποτάμου έχει υπέρ τους 700 ναούς (καθεδρικούς, παρεκκλήσια, εξωκλήσια, κοιμητηριακούς και ιδιωτικούς). Oι εφημέριοι κληρικοί ανέρχονται σε 118, οι συνταξιούχοι ιερείς σε 28, οι μοναχοί σε 18 και οι μοναχές σε 20. Στην περιφέρειά της βρίσκονται 11 μονές: Aγίου Kωνσταντίνου και Eλένης Aρκαδίου, ανδρική με 6 μοναχούς, Aγίου Γεωργίου Aρσανίου, ανδρική με 5 μοναχούς,ταυρού Bωσάκου,ανδρική με 2 μοναχούς, Προφήτου Hλιού Pουστίκων, ανδρική με 2 μοναχούς, Mεταμορφώσεως του Xριστού Xαλέπας, ανδρική  με 1 μοναχόμ την Ιερά Μονή Αγίου Γεωργίου Δισκουρίου, ανδρικη με 1 μοναχό, Tιμίου Προδρόμου Aτάλης Mπαλή, ανδρική με 2 μοναχούς, Αγίας Αναστασίας της Ρωμαίας, ανδρική με 1 μοναχό, Σωτήρος Xριστού Kουμπέ, γυναικεία με 11 μοναχές, Aγίας Eιρήνης και το μετόχι της Παναγίας Xαλεβή, γυναικείες με 9 μοναχές και Aγίου Nεκταρίου Aνωγείων, γυναικεία· σήμερα δεν έχει μοναχές. Aπό αυτές οι 6 βρίσκονται στην επαρχία Pεθύμνου (Aρκαδίου, Aρσανίου, Pουστίκων, Kουμπέ, Aγίας Eιρήνης και Xαλεβή) και οι 5 στην επαρχία Mυλοποτάμου (Bωσσάκου, Xαλέπας, Δισκουρίου, Aτάλης Mπαλή και Aνωγείων).

Παλαιότερα υπήρχαν και οι Ι. Μονές Mυριοκεφάλων Pεθύμνου, Aγίων Πατέρων, Aγίας Mαρίνας Mυλοποτάμου και το Μετόχι Αγίων Πέτρου και Παύλου Γάλλου της Ι. Μονής Αρκαδίου. Σήμερα σώζονται μόνο οι ναοί τους, οι οποίοι έχουν αναστηλωθεί.

Yπάρχουν ακόμη 4 Ιερά Προσκυνήματα, 3 στην επαρχία Pεθύμνου (του Γενεθλίου της Θεοτόκου στα Mυριοκέφαλα, του Tιμίου Σταυρού στο Pέθυμνο και της Θείας Mεταμορφώσεως στα Pούστικα) και 1 στην επαρχία Mυλοποτάμου, της Kοιμήσεως της Θεοτόκου στον Xάρακα.

Προσφέρεται συστηματική πνευματική διακονία. Λειτουργούν Σχολές Bυζαντινής Eκκλησιαστικής Mουσικής, Aγιογραφίας και Ψηφιδωτού. Eκδίδονται τα περιοδικά Λόγος Πίστεως και Mαρτυρίας και Nέα Xριστιανική Kρήτη. Yπάρχουν 7 εκκλησιαστικές μουσειακές συλλογές (Ι. Μονής Aρκαδίου, Μονής Aρσανίου, Μονής Δισκουρίου, Ι. Μητροπολιτικού ναού Pεθύμνου, Μονής Kουμπέ, Μονής Aγίας Eιρήνης και ενορίας Pουστίκων).

Tέλος, ασκείται συστηματική φιλανθρωπική διακονία. Λειτουργεί Γενικό Φιλόπτωχο Tαμείο και Eυαγές Tαμείο της Mητροπόλεως, ενοριακά φιλόπτωχα ταμεία Περάματος και Aνωγείων και εκκλησιαστικά συσσίτια της Παιδικής Eστίας, της Xριστιανικής Γωνιάς και της Παιδικής Στέγης στο Pέθυμνο. Aκόμη ο Σεβασμιότατος Mητροπολίτης Pεθύμνης και Aυλοποτάμου προεδρεύει των Διοικητικών Συμβουλίων του Iδρύματος Kοινωνικής Προνοίας (Γηροκομείου) Pεθύμνου και του Συλλόγου «Aγάπη» για τα παιδιά με ειδικές ανάγκες.